وبعد احتلال فلسطين عام 1831 م ألغي محمد علي حاكم مصر الرسوم التي كانت تفرض على الحجاج الاجانب في فلسطين, مما كان له تأثير سلبي على ايراد ال ابوغوش السنوي (المخطوطات الملكية المصرية). قام الحاكم المصري في فلسطين بفتح أول قنصلية بريطانية في القدس. وبعد فترة وجيزة تلت قنصليات أوروبية اخرى. فكانت تلك القنصليات أول بذور تزرع في ارض فلسطين للوجود والتوغل الاجنبي. واعترض الشيوخ الاقطاعيون على تلك السياسة وعلى رأسهم ال ابوغوش, ورفضوا الاعتراف بالحاكم المصري. وجرت معارك عنيفة في القدس بين ال أبوغوش والحاكم المصري في فلسطين. وفي عام 1834 قام الحاكم المصري إبراهيم باشا(وهو ابن محمد علي) بشن هجومات مفاجئة عنيفة على ال ابوغوش انتقاما للمعارك التي قام بها ال ابوغوش في القدس وقام الجنرال إبراهيم بتدمير قصر ابوغوش واستولى على الكنيسةالتي كانت تستعمل سجنا لسجناء ال ابوغوش. وقيل ان الحاكم المصري سلم بقايا تلك الكنيسة للقنصل الفرنسي فيما بعد. وكان الشيخ إبراهيم ابوغوش قد توفي عام 1831 بعد احتلال مصر لفلسطين بقليل. خلف الشيخ إبراهيم ابوغوش الشيخ جبر ابوغوش الذي تزعم ال ابوغوش أثناء تلك الحملة . كما دمر الجنرال إبراهيم حصنا لال ابوغوش في قرية صوبا المجاورة لابوغوش. وبعد عودة العثمانيين 1840 طرد الحاكم المصري من فلسطين وعين السلطان ال ابوغوش على المنطقة من جديدومنحهم فرمان يسمح لهم بفرض الرسوم على الحجاج والسياح من الساحل إلى القدس (انظر فين -قنصل بريطانيا في القدس- ستيرينج تايمس, ص 232) مما أغضب القناصل الأوروبيين. اضطرت الدولة العثمانية إلى ان تغمض عينيها على استمرار نشاط القنصليات في فلسطين بسبب مساندة الدول الأوروبية له في اعادة بلاد الشام إلى الدولة العثمانية.
وفي منتصف القرن التاسع عشر الميلادي بدء عهد جديد وهو عهد التنظيمات والاصلاحات للدولة العثمانية. كان المسؤولون في القسطنطنية يعتبرون شيوخ الجبال الفلسطينية عوائف في تنفيذ الاصلاحات والتنظيم الاداري الجديد وكانوا يؤمنون بانه لا يمكن تنفيذ مشاريع الدولة الجديدة الا من قبل حكومة مركزبة قوية وتجريد العائلات الحاكمة من سلطتها. فاصبح من أهم اهداف السياسة العثمانية تقويض نفوذ العائلات الراسخة وجعلهم ينقادون للسلطة المركزية. ففي عام 1860 تلقى قناصل الدول الأوروبية تعليمات بان بقفوا إلى جانب السلطة المركزية ضد سلطة الشيوخ المحليين. وقصفت انذاك بمساعدة بريطانية القرى التابعة للشيوخ المتمردين. وتحولت السلطات المحلية لشيوخ العائلات إلى سلطة مركزية يراسها حاكم متصرفية تركي مقره مدينة القدس. وقال فين, قنصل بريطانيا في القدس متشفيا "اجنحتهم (ال ابوغوش) كانت قد قصت إلى حد بعيد" (شولش الكسندر,الترجمة ص.272).
تزعم ال ابوغوش حينذاك الشيخ مصطقى ابوغوس شيخ مشايخ جبال القدس الملقب "سلطان البر" كما ورد في سجلات المحكمة الشرعية. قاد الشيخ مصطفى جيشا مؤلفا من 12,000 مقاتل في حملة واسعة لاعادة نفوذ العائلة واصطدم مع السلطات حيث استمر في زعامة المنطقة مما اجبر السلطات العثمانية بالاعتراف بالامر الواقع. تزعم الشيخ مصطفى المنطقة رغم انف السلطات العثمانية حتى وفاته عام 1863م . والشيخ مصطفى هو جد(أبو ام)الاديب الفلسطيني المشهور محمد اسعاف النشاشيبي.
عشية انهيار النظام الاقطاعي الذي دام ما يقارب اربعة قرون و تجريد الشيوخ الاقطاعيين من سلطتهم تمهيدا لتنفيذ الاصلاحات, كانت بعض العائلات التي تقطن مدينة القدس, بسبب موقعها في المدينة, مثل عائلة النشاشيبي وعائلة الحسيني, قد بدأت تنهض في المجتمع الفلسطيني من خلال توظيفها في الدوائر الحكومية الجديدة والقنصليات الاجنبية, وتأخذ مركزا هاما في المجتمع الفلسطيني. وهكذا انتقلت السلطة من الريف إلى المدينة. وكانت عائلتا النشاشيبي والحسيني في ذلك الوقت تابعتين لحزب اليمنية الذي كان يتزعمه ال ابوغوش حتي الستينات من القرن التاسع عشر. اما عائلة الخالدي فكانت تابعة للحزب القيسي الذي كان يتزعمه ال سمحان من العائلات الاقطاعية. ودارت معارك طويلة الامد بين ال ابوغوش وال سمحان واللحام في الخمسينات حول السيطرة على بني حسن. كان زعيم اليمنية حينذاك الشيخ احمد ابوغوش وكان عمره 90 عاما فكلف ابن اخيه مصطفى(المذكور اعلاه, الذي تسلم زعامة النطقة بعد وفاة عمه) بالقيادة العسكرية . كان مصطقى شاب جسور جدا قاد جيشا عام 1853 يضم 10000 مقاتل (قارن بيروتي: قاستمز اند تراديشن, ص 273) وصلت الاضراراثناء تلك الاشتباكات إلى تخريب 20000 غرسة عنب و10000 شجرة زيتون و1000 شجرة فواكه وخسارة 3000 رأس ماشية (نفس المصدر).
وبوفاة مصطفى ابوغوش الملقب سلطان البر انتهت سلطة ال ابوغوش اي في الستينات من القرن التاسع عشر.
في اوائل القرن العشرين اشتهر شخص من ال ابوغوش يدعى سعيد ابوغوش وكان ابن اخ مختار قرية ابوغوش. كان سعيد ابوغوش على خلاف مع عمه المختار, فترك قرية ابوغوش وبنى منزلا له, فيلا حجرية محصنة, في ارض كان يمتلكها (22 الف دونم بين ابوغوش والرملة) بالقرب من قرية القباب. استعمل ابوغوش على تصميم عزبته مهندسا ألمانيا. تزوج ابوغوش من ابنة جنرال تركي صديق للعائلة كان يقطن قرية القباب. استعان الشيخ سعيد ابوغوش بمئات من الفلاحين من القرى المجاورة لفلاحة اراضيه وتربية الغنم والخيول. عرف ابوغوش بتدينه ونبل اخلاقه ووطنيته وحبه للفلاحين, الذين كان يعتبرهم اصحاب الأرض الحقيقيين, ومساعدته لهم. وقدم حمايته لجميع القرى المجاورة دون مقابل. وروي عنه أنه اسس "سبيل" ماء كان موقف المسافرين والمارين إلى القدس عن طريق الرملة. كما روي عنه انه كان يفطر في رمضان مع الفلاحين يستمع اليهم ويلبي جميع طلباتهم ولا يرفض لهم طلبا في شهر رمضان قط. فكان من اراد الزواج ولم يقدر على أجر المهر ينتظر رمضان ليطلب طلبه وكان ابوغوش يزوجه ويقدم له بيتا هدية له. عرف أيضا عن ابوغوش أنه كان بشتري الاراضي المعروضة للبيع كي لا تقع في ايدي اليهود. كان يبعث وكيله للبحث عن الفلاحين الذين اجبرتهم الظروف على بيع اراضيهم وكان يحاول اقناع الفلاح بالا يبيع ارضه وان أصرعلى البيع اشترى الأرض منه واحيانا كان يؤجر الأرض للبائع بثمن زهيد. كان معروفا عن اليهود انهم يخططون لاقامة دولة يهودية على الاراضي الفلسطينية. وكان الشيخ ابوغوش يرى أن الإنكليز هم العدو الأصل. فكان يساعد كل من حاربهم بالمال والسلاح. توفي الشيخ سعيد ابوغوش عام 1936 ودفن في عزبته.
ابوغوش بعد النكبة في عام 1948 عام " النكبة" هرب اهالي القرى والمدن في جميع انحاء فلسطين من ديارهم خوفا على االأطفال والنساء بعد ان شن مجموعات مسلحة من اليهود هجومات ارهابية عنيفة على الأهالي العزل. كانت المجموعات اليهودية الارهابية (الهاجانا والارجون وليهي) تشن هجومات همجية على الاهالي العزل وتقتل النساء والاطفال وكبار السن قتلا عشوائيا وكانوا احيانا يدمرون البيوت امام اعين اصحابها.
كان تدمير عزبة سعيد ابوغوش (المتوفى 1936) على ايدي مجموعات الهاجانا في الأول من ابريل 1948. اقتحم اليهود العزبة في فجرذلك اليوم وهددوا أفراد العائلة بالقتل ان تأخروا عن الخروج. ولم يعطى لهم أكثر من ربع ساعة للخروج. فهربت العائلة مشيا على الأقدام باتجاه رام الله ثم الأردن. رحلوا إلى الأردن وبنيتهم الرجعة عندما تنتهي الحرب.
قال شهود عيان ان اليهود اخرجوا محتويات الفيلة قبل نسفها ودمروها تدميرا كاملا بعد ان قتلوا حارسها, ودمروا بئر الماء بالقرب من المنزل في نفس اليوم الذي أخرجت منه العائلة. ودمروا معصرة الزيتون وطاحونة الحبوب فيما بعد كما دمروا المستشفى الخاص للطبيب (ابن المرحوم سعيد ابوغوش المذكوراعلاه), الذي كان له عيادة في مدينة الرملة. ودمرت جميع القرى المجاورة فيما بعد (القباب وابوشوشة وعمواس) في مايو 1948